Pesantren Ramadan di sekolah kerap dikaitkan dengan kegiatan short course pendalaman materi agama Islam yang wajib diikuti seluruh siswa muslim pada bulan Ramadan. Di SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara, pesantren Ramadan menjadi agenda wajib tiap Ramadan dan tahun ini berfokus pada peningkatan pemahaman dengan melalui praktik bersuci meliputi praktik berwudu dan tayamum, praktik salat dan salat jenazah, mengaji, dan hafalan surah-surah juz 30 didampingi para guru. Pesantren Ramadan tahun 2024 ini mengusung tema “Kita Kuatkan Jiwa dan Raga dengan Ibadah kepada Allah Agar Menjadi Orang yang Bertakwa.”
Melalui arahan yang disampaikan, Kepala SMPN 3 PPU, Abdullah, menyampaikan harapannya agar pesantren Ramadan menjadi momen untuk meningkatkan pengetahuan dan pemahaman agama terlebih yang berkaitan dengan praktik-praktik ibadah wajib seorang muslim. Kegiatan pesantren Ramadan berlangsung selama tiga hari (14-17 Maret 2024) secara bergiliran yakni tanggal 14 Maret untuk siswa laki-laki, tanggal 15 Maret untuk siswa perempuan, dan tanggal 17 Maret untuk seluruh siswa muslim baik laki-laki maupun perempuan yang secara khusus membahas salah satu fardhu kifayah yakni salat jenazah.