SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara berada di Desa Gunung Intan, Kecamatan Babulu, Kabupaten Penajam Paser Utara. Desa Gunung Intan merupakan desa sasaran transmigrasi sehingga untuk memfasilitasi layanan pendidikan anak-anak usia sekolah di jenjang pendidikan menengah pertama, didirikanlah SMP PGRI Babulu Darat di tahun 1981 yang saat itu menumpang di gedung SD N 007 (sekarang SD N 001) Babulu.
Kemudian pada tahun 1982, didirikan sekolah baru bernama SMP Negeri Babulu Darat yang terletak di Desa Gunung Intan berdasarkan Surat Keputusan (SK) Mendikbud No SK 0299/a/O/1982 tanggal 9 Oktober 1982 dengan nomor kode 218739, nomor S.S. 201160107016 terhitung 1 Juli 1982 dan pertama kali digunakan untuk proses belajar mengajar pada tanggal 24 Agustus 1982 yang di kemudian hari, tanggal tersebut menjadi tanggal peringatan hari jadi SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara. Seiring berjalannya waktu, tahun 1995 terjadi pergantian nomor klatur sekolah sehingga SMP Negeri Babulu Darat berubah nama menjadi SMP Negeri 1 Waru. Tahun 1997 SMP Negeri 1 Waru berubah nama menjadi SLTP Negeri 1 Waru. Dalam tahun yang sama, terjadi perubahan nomor klatur sekolah sehingga SLTP Negeri 1 Waru berubah nama menjadi SLTP 1 Babulu. Pada tahun 2005, terjadi perubahan nomor klatur sekolah lagi menjadi SMP Negeri 1 Babulu. Dua tahun kemudian (2007), berubah nama menjadi SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara sampai sekarang.
Berikut masa kepemimpinan kepala sekolah berdasarkan masing-masing periodenya:
| PERIODE | NAMA | TAHUN |
| I | PAIMAN | 1982 s/d 1996 |
| II | SUPRIYO, S. Ag. | 1996 s/d 2000 |
| III | RAHMAN NURHADI, S.Sos. | 2000 s/d 2001 |
| IV | WALUYO ABU SAPUTRO, S.Pd., M. Pd. | 2001 s/d 2002 |
| V | Drs. ALIMUDDIN, M.A.P. | 2002 s/d 2003 |
| VI | SURYADI, S. Pd. | 2003 s/d 2008 |
| VII | SRI MULYANI PUJIASTUTI, S.Pd. | 2008 S/D 2012 |
| VIII | Drs. ALIMUDDIN | 2012 s/d 2019 |
| IX | ABDULLAH, S. Pd. | 2019 s/d sekarang |
Sekolah yang mengangkat slogan berprestasi, iman, indah, teladan (BERINTAN) ini termasuk sekolah favorit khususnya di Kecamatan Babulu dan di Kabupaten Penajam Paser Utara pada umumnya bagi para calon siswa baru untuk melanjutkan pendidikan menengah pertama. Hal ini bisa terlihat dari jumlah penerimaan peserta didik baru (PPDB) yang semakin meningkat.
Tahun demi tahun, SMP Negeri 3 PPU mengalami perkembangan/kemajuan baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Dari segi kualitas dapat diukur dari status akreditasi sekolah yang terus meningkat (akreditasi A di tahun 2016), prestasi akademik dan non akademik siswa dari level kecamatan hingga nasional, termasuk telah ditunjuk sebagai sekolah mutu, sekolah bina bakat prestasi, dan sekolah siaga kependudukan (SSK) serta fasilitas penunjang kegiatan belajar mengajar di sekolah.
Selain itu, sekolah yang terletak di Jalan Transmigrasi RT 10 Desa Gunung Intan, Kecamatan Babulu, Kabupaten Penajam Paser Utara ini juga terus berbenah menuju sekolah unggul dengan program adiwiyata, sekolah sehat, dan pembelajaran digital (e-learning). Hal tersebut akhir-akhir ini menjadi poin yang sangat diperhatikan mengingat pendidikan lingkungan hidup termasuk pendidikan kesehatan merupakan hal mendasar. Sementara program e-learning menjadi hal baru tak hanya bagi sekolah secara internal, tetapi juga mengantarkan SMP Negeri 3 PPU sebagai SMP pertama di Kabupaten Penajam Paser Utara yang mengaplikasikan e-learning sebagai media pembelajaran dan literasi digital kepada para peserta didiknya.